Pesantren Hidayatullah Surabaya adalah Yayasan yang bergerak di bidang pendidikan, dakwah dan sosial yang berdiri pada tahun 1987 dan sampai sekarang berkembang dengan pesat. Dalam bidang dakwah mengembangkan wilayah dakwah dengan membuka cabang-cabang baru di seluruh kota Kabupaten di Jawa & Nusa Tenggara. Tumbuhnya cabang-cabang baru tersebut menuntut Pesantren Hidayatullah Surabaya mempersiapkan para da’i dan kiyai yang siap diterjunkan ke daerah-daerah untuk membina umat di daerahnya masing-masing.

Berangkat dari latar belakang masalah di atas itulah para pendiri pesantren mendirikan Pendidikan Tinggi Islam (PTI), pada tahun 1994 sebagai lembaga pendidikan dan pengkaderan yang menggodok calon-calon da’i dan kiyai. Adapun para pendiri tersebut adalah :

Pada awal berdirinya, STAI Luqman al Hakim bernama PTI (Pendidikan Tinggi Islam) yang didirikan pada Tahun 1994. Ketika itu perkuliahan berjalan dengan menggunakan 100% kurikulum sendiri dan belum mendapatan status terdaftar. Kurikulum tersebut dirancang untuk mencetak kader da’i yang siap diterjunkan ke cabang-cabang untuk membina umat di daerahnya.

Melihat perkembangan zaman, tuntutan sosial dan prospek out put mahasiswa, serta peluangnya untuk dapat mengikuti program pendidikan yang lebih tinggi (S2 & S3) mengharuskan PTI pada tahun 1997 berubah namanya menjadi STAIL (Sekolah Tinggi Agama Islam Luqman al Hakim), dan berusaha untuk mendapatkan status terdaftar serta berafiliasi ke Depag. Dengan asumsi bahwa program pengkaderan tetap dominan, dan mahasiswa sekaligus mendapatkan materi perkuliahan yang berisi kurikulum nasional.

Alhamdulillah, pada tanggal 1 Juli 1998 STAI Luqman al Hakim mendapat SK menteri Agama (Dirjen Binbaga Islam) No. E/191/1998 untuk dua Jurusan dengan dua program studi :

1. Jurusan Dakwah Program Studi (prodi) Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI)
   1. Jurusan Tarbiyah dengan Program Studi (prodi) Kependidikan Islam (KI)

Setelah itu berturut-turut dibukalah program Akta IV (SK No: 50.a/SK/KOP.IV/2002), dan Pendidikan Guru Kelompok Bermain dan Taman Kanak-kanak (PGTK) SK No. 424/SK/KOP.IV/2003. Namun dalam perkembangan berikutnya karena kebijakan pemerintah lewat Dirjen Pendidikan Tinggi Islam Kemenag kedua program tersebut tidak dibuka lagi.

Untuk Program S1 dengan tiga jurusan dan empat program studi STAIL mengikuti kurikulum Departemen Agama ditambah dengan kurikulum pesantren. Izin operasional tersebut diperpanjang untuk kedua kalinya dengan SK Dirjen Binbaga Islam No Dj.II/331/2003 tertanggal 12-9-2003. Ketiga kalinya izin operasional tersebut diperpanjang melalui SK Dirjen Pendidikan Islam No. Dj.I/201 tahun 2008 tertanggal 20 Juni 2008 dan berlaku sampai tahun 2013. Berikutnya kedua prodi tersebut telah diperpanjang sampai 2018, dibarengi dengan perubahan prodi Kependidikan Islam (KI) menjadi prodi Manajemen Pendidikan Islam (MPI).

Upaya STAIL untuk menstandarkan prodi yang ada dilakukan dengan mengajukan akreditasi ke BAN PT. Setelah dilakukan proses visitasi dan penilaian oleh asesor akhirnya pertanggal 18 Agustus 2010 mendapat nilai B untuk masing-masing prodi, baik untuk Manajemen Pendidikan Islam (Tarbiyah) maupun untuk Komunikasi dan Penyiaran Islam (Dakwah). Akreditasi tersebut dibuktikan dengan nomor SK 025/BAN-PT/Ak-XIII/S1/XI/2010 untuk prodi Manajemen Pendidikan Islam (Tarbiyah) dan SK No.028/ BAN-PT/Ak-XIII/S1/XI/2010 untuk prodi Komunikasi Penyiaran Islam (Dakwah).

Melihat tuntutan masyarakat yang cukup besar di bidang ekonomi syariah, STAI Luqman al-Hakim Surabaya tahun 2012 telah mengajukan pembukaan prodi baru S1 Ekonomi Syariah, dan setelah melalui proses rangkaian penilaian alhamdulillah  mendapatkan SK pembukaan program Studi baru Strata Satu (S1) Ekonomi Syariah berdasarkan SK Dirjen Pendidikan Islam Kemenag RI No. 3656 Tahun 2014 tanggal 1 Juli 2014.

Demikian juga mengingat tuntutan aturan pemerintah tentang akreditasi institusi, STAI Luqman al-Hakim pada bulan Agustus 2014 telah mengajukan berkas akreditasi institusi STAIL ke Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) di Jakarta. Setelah melalui proses visitasi dan penilaian untuk akreditasi institusi, alhamdulillah institusi STAI Luqman al-Hakim memperoleh peringkat C berdasarkan keputusan BAN-PT No. 421/SK/BAN-PT/Akred/PT/V/2015.

Mengingat batas berlakunya akreditasi 2 (dua) program studi sebelumnya yang berakhir 2015, pengelola masing-masing  prodi  mengajukan re-akreditasi ke BAN PT. Setelah melalui proses penilaian, baik penilaian berkas maupun penilaian saat visitasi, Alhamdulillah kedua prodi memperoleh nilai B kembali berdasarkan keputusan BAN-PT No. 1151/SK/BAN-PT/Akred/S/XI/2015 untuk prodi MPI, dan keputusan BAN-PT No. 1262/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2015 untuk prodi KPI.

Untuk memenuhi tuntutan internal maupun eksternal lembaga, tahun 2017 STAI Luqman al-Hakim membuka program studi baru yaitu PGMI (Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah). Prodi PGMI resmi mendapat SK dari Dirjen Pendidikan Tinggi Islam (Diktis) Kementerian Agama Jakarta setelah melalui proses pengajuan proposal prodi dan proses visitasi dari tim Diktis Jakarta. 

Demikian juga untuk memenuhi persyaratan minimal setiap prodi, Prodi Eksya mengajukan akreditasi ke BAN PT pada akhir tahun 2017. Setelah pengajuan akreditasi ke BAN PT lewat program SAPTO online, dan melalui proses penilaian AK (Assesment Kecukupan) dan AL (Assesmen Lapangan) prodi Eksya mendapat SK BAN PT pada pertengahan tahun 2018.